Na repartição pública em que mercadorias exportadas e importadas são registradas. Os tributos cobrados são disciplinados por leis, decretos, instruções normativas, entre outros.

No Brasil, os tributos devidos na importação de produtos oriundos do exterior são:

• Imposto de importação (II) - Redução Ex Tarifário (Benefício)
• Imposto sobre produtos industrializados (IPI)
• Imposto sobre operações financeiras (IOF)
• Imposto sobre circulação de mercadorias e serviços (ICMS)

Todas as taxas e impostos são calculados em razão da classificação fiscal da mercadoria (NCM) e da alíquota correspondente; ao valor da mercadoria, do frete (quando incluído) e dos demais documentos exigidos por cada Aduana para o desembaraço da mercadoria. Existem ai as taxas de movimentação de carga, de fiscalização do peso, multas por diferenças de dados na documentação,etc. Também é devida a taxa de Adicional ao Frete para a Renovação da Marinha Mercante (AFRMM) e Fundo da Marinha Mercante (FMM), que foi instituído pelo art. 1º do Decreto-Lei nº 2.404, de 23 de dezembro de 1987 (trata-se de uma taxa que se destina a atender aos encargos da intervenção da União no apoio ao desenvolvimento da marinha mercante e da indústria de construção e reparação naval brasileiras).

A Lei n^o 10.893, de 13 de julho de 2004, disciplinou o AFRMM. As Leis n^os 12.599, de 23 de março de 2012, e 12.788, de 14 de janeiro de 2013, alteraram o mencionado disciplinamento e transferiram a competência de administração das atividades de cobrança, fiscalização, arrecadação, restituição e concessão de incentivos do AFRMM do Ministério dos Transportes (MT) para a Secretaria da Receita Federal do Brasil. O Decreto 8.257, de 29 de maio de 2014, por sua vez, regulamenta o exercício desta competência por parte da Receita Federal do Brasil (RFB).

A Instrução Normativa RFB n^o 1.471, de 30 de maio de 2014, alterada pela Instrução Normativa RFB n^o 1.549, de 23 de fevereiro de 2015, dispõe sobre o AFRMM e a Taxa de Utilização do Mercante (TUM). É no Sistema de Controle de Arrecadação do Adicional ao Frete para Renovação da Marinha Mercante, também chamado de Sistema Mercante, que as informações são prestadas eletronicamente pelos intervenientes, mediante o uso de certificação digital.

Apesar da indicada transferência de competência de administração, o Sistema Mercante ainda está hospedado no sítio do MT e ali vinculado ao Departamento da Marinha Mercante (DMM). No entanto, como forma de seguir a determinação da legislação acima citada, os trâmites pertinentes a todas as modalidades de pedidos relacionados com o AFRMM devem agora ser efetuados perante a RFB. Não há mais atendimento destas solicitações no DMM, os interessados devem se dirigir ao atendimento das Unidades Aduaneiras da RFB.

Tal alteração também implica a adoção de providências adicionais, por exemplo, o ajuste dos instrumentos de representação e mandato, como as procurações públicas e particulares, que agora devem mencionar, nos poderes outorgados, que a atuação para as providências relativas ao AFRMM será desempenhada perante a RFB e não mais perante o MT ou DMM.

Também estão presentes as taxas de capatazia que são serviços de movimentação de mercadorias em terra ou de terra para o navio e vice-versa, no costado dos navios, nas portas, porões de armazéns, alpendres ou pátios, efetuado antigamente somente pelo pessoal da Administração do Porto e, nos dias atuais, também, pelos outros operadores portuários. Envolvem diversas atividades nas áreas portuárias.